Fernandes, vychovaný v mládežnické akademii Boavista, začal svou profesionální kariéru v roce 2012, kdy hrál za italské kluby, jako je Novara, Udinese a Sampdoria, kde rozvinul své-všechny schopnosti střední zálohy. Jeho kariéra nabrala zásadní obrat v roce 2017, kdy nastoupil do Sportingu CP a vyhrál po sobě jdoucí ocenění Nejlepší hráč sezóny v Primeira Liga. S 32 góly a 18 asistencemi v jediné sezóně vytvořil rekord mezi záložníky a dovedl tým k zotavení po násilném útoku fanoušků na tréninkovém hřišti.
V lednu 2020 přestoupil Fernandes do Manchesteru United za 55 milionů eur a rychle se stal základním pilířem týmu. Ve své první polovině-sezóny zaznamenal 8 gólů a 7 asistencí, čímž vytvořil rekord Premier League pro nejlepší výkon při zimní posile. Dva po sobě jdoucí roky byl jmenován hráčem sezóny Manchester United a vybrán do týmu roku PFA. Jako kapitán prokázal nesmírné odhodlání, zůstal s klubem během období nekonzistence a odmítl nabídku smlouvy na 200 milionů eur od saúdskoarabských klubů na podporu rekonstrukce United. V roce 2025 dosáhl milníku 100 gólů za Manchester United, stal se 23. hráčem v historii klubu, kterému se to povedlo, a pomohl Portugalsku znovu získat titul Ligy národů UEFA.
Fernandes na hřišti kombinuje herní umění s klinickým zakončením. Ve 290 zápasech za Manchester United nasbíral 98 gólů a 86 asistencí a v sezóně 2021-22 vyhrál cenu UEFA Champions League Assist King se 7 asistencemi. 16. prosince 2025 zaznamenal přímý kop a asistenci při remíze Manchesteru United 4:4 s Bournemouthem, čímž si vysloužil ocenění Muž zápasu a svými výkony nadále ztělesňoval „ducha Rudého ďábla“.
